Lékařská mikrobiologie se zabývá etiologií, patogenezí a imunogenezí onemocnění vyvolaných mikroorganismy s poskytováním diagnostických, interpretačních, terapeutických a epidemiologických podkladů. Vychází z vědeckých základů mikrobiologie a jejích dílčích oborů (bakteriologie, virologie, mykologie, parazitologie a antiinfekční imunologie).
Lékařská mikrobiologie je samostatný obor, zabývající se vztahem mikroorganismů k člověku, především při jejich možném patologickém působení. Obor je na základě různosti mikroorganismů členěn na speciální části (bakteriologie, virologie, mykologie a parazitologie) a má i složky sledující dispozici či odpověď makroorganismu na působení infikujícího mikroorganismu (serologie, imunologie, genetika).
Lékařská mikrobiologie patří svým hlavním zaměřením ke klinickým oborům, neboť se zabývá vztahem zachycených a identifikovaných mikroorganismů či imunitní odpovědi vůči nim, k probíhajícímu či proběhnuvšímu poškození organismu, v případě nosičského stavu možnými riziky pro hostitele, případně vyplývajícími z přenosu infekčního činitele na jiné jedince.
Ve většině případů mikrobiologické vyšetření řeší diferenciálně diagnostické problémy vyplývající z necharakteristické symptomatologie, která může být vyvolána řadou různých činitelů náležejících často do rozdílných taxonomických skupin. Kromě identifikace etiologického činitele, ověřením jeho citlivosti k antimikrobním léčivům spolurozhoduje mikrobiolog o terapii nemocného, jehož biologický materiál vyšetřoval, a opakovaným vyšetřením ověřuje úspěšnost léčebných postupů, případně nutnost změny terapie. Předmětem lékařské mikrobiologie je rovněž průkaz a studium původců lidských onemocnění v prostředí a v potravinách.
Lékařská mikrobiologie využívá ve své činnosti epidemiologické metodické postupy a vyvozuje příslušné návrhy pro preventivní opatření. Poskytnutí informace o nálezu infekčního agens spadajícího do kategorie povinně hlášených infekcí umožňuje státem vyčleněnému aparátu učinit opatření v širším měřítku.
Tento postup se vztahuje také na situace související s veřejným ohrožením při zneužití biologických prostředků (bioterorismus). Epidemiologické přístupy využívá lékařská mikrobiologie pro surveillance a kontrolu rezistence k antibiotikům a poskytuje také nepostradatelné podklady pro surveillance a kontrolu nozokomiálních infekcí.
Koncepce oboru navržená Ministerstvu zdravotnictví ČR.
